Sau khi nhà vua bị xử tử, một nhà nước cộng hòa ra đời, Khối liên hiệp Anh. "Nghị viện Rump" nắm cả quyền hành pháp và lập pháp, và một Hội đồng nhà nước nhỏ hơn được chia sẻ một số chức năng hành pháp. Cromwell là một thành viên của Nghị viện Rump và cũng là thành viên Hội đồng nhà nước. Trong những tháng đầu sau vụ xử tử Charles I, Cromwell đã nỗ lực, nhưng thất bại, trong việc đoàn kết một nhóm "những người bảo hoàng độc lập". Cromwell có liên hệ với nhóm này kể từ khi nổ ra cuộc nội chiến Anh năm 1642 và liên hệ chặt chẽ với họ trong những năm 1640. Tuy nhiên, trong nhóm chỉ có Oliver St John tiếp tục ở lại Nghị viện Rump. Những người bảo hoàng khác bỏ chạy sang Ireland, nơi họ ký hiệp ước thành lập Liên hiệp Ireland. Vào tháng 3, Cromwell được Nghị viện Rump chỉ định làm tư lệnh cho chiến dịch tấn công Ireland. Những chuẩn bị cho cuộc xâm lược Ireland chiếm hết thời gian của Cromwell mấy tháng sau đó. Vào cuối những năm 1640, trong quân đội do Cromwell lãnh đạo bắt đầu nảy sinh xung đột về tư tưởng. Phong trào của những người Agitator trong quân đội muốn nước Anh trở thành một quốc gia với chủ quyền được quy định rõ ràng hơn, mở rộng quyền bỏ phiếu, đòi sự bình đẳng trước pháp luật cho tất cả mọi người và hòa hợp tôn giáo. Những quan điểm của họ được trình bày trong tuyên ngôn "Thỏa ước của quần chúng" vào năm 1647. Cromwell và những nhân vật lớn khác của Nghị viện Rump không đồng ý với những quan điểm này vì cho rằng chúng sẽ trao quá nhiều quyền tự do cho người dân; họ tin rằng quyền bỏ phiếu chỉ nên hạn chế ở những người chủ đất. Trong "cuộc tranh luận Putney" năm 1647, hai nhóm này đã tranh cãi quyết liệt về các chủ đề trên với hy vọng viết một hiến pháp mới cho nước Anh. Bạo động và xung đột vũ trang đã xảy ra trong thời gian diễn ra những cuộc tranh luận. Năm 1649, vụ bạo động ở Banbury đã dẫn tới việc một người của nhóm Agitator, Robert Lockyer, bị xử tử. Cromwell là người chỉ huy đàn áp các cuộc bạo loạn. Sau khi dẹp tan cuộc bạo loạn ở Andover và Burford vào tháng 5 năm 1649, Cromwell lên đường tới Ireland để bắt đầu cuộc xâm lược Ireland từ Bristol vào cuối tháng 7.[28]